Allerdings liegt bei Masern die Impfquote für die Zweitimpfung in einigen Bundesländern deutlich unter 95 Prozent. Diese Quote wäre notwendig, um die Krankheit zu eliminieren, so Experten des Bundesgesundheitsministeriums. Bei der zweiten Masernimpfung zeigte sich im Jahr 2011 in Sachsen, dass nur 86,4 Prozent bei der Schuleingangsuntersuchung gegen die Krankheit geimpft waren. In Baden-Württemberg und Bayern liegen die Werte mit 88,6 Prozent und 89,8 Prozent ebenfalls deutlich unter den empfohlenen 95 Prozent. Berlin hat eine Quote von 90,7 Prozent. Hier ist im Januar ein Masernausbruch aufgetreten, der bisher bereits zu mehr als 400 Infektionen geführt hat. Deutlich besser sieht es beim Impfschutz hingegen in den neuen Bundesländern aus. Mecklenburg-Vorpommern, Brandenburg und Thüringen liegen bundesweit an der Spitze mit Werten von knapp über oder unter 95 Prozent.
Experten wie Dr. Wolfram Hartmann, Präsident des Berufsverbands der Kinder- und Jugendärzte (BVKJ), warnen davor, auf eine Zweitimpfung zu verzichten, da sich so kein ausreichender Impfschutz einstelle. Hartmann hält die Zurückhaltung vieler Eltern bei Impfungen für ein „Luxusproblem in einer Überflussgesellschaft“. Der bei den Schuleingangsuntersuchungen dokumentierte bundesweite Impfschutz gegen Diphtherie (95,7 %), Tetanus (96,1 %), Pertussis (95,1 %), Hib (93,7 %) und Poliomyelitis (94,7 %) liegt im internationalen Vergleich hingegen sehr hoch, so Zahlen des Robert Koch-Instituts. Auch aus diesem Grund treten die Krankheiten in Deutschland nur noch überaus selten auf.